La flore intestinale est l'ensemble des microbes contenus dans tout le tube digestif. Bien qu'appartenant à des espèces très différentes, ils coopèrent entre eux pour créer un équilibre favorable à notre homéostasie. Cette population mosaïque intervient à de nombreux niveaux, parmi lesquels le stockage des graisses, le maintien de la masse osseuse et l'équilibre du système immunitaire. Il est important de noter que si la surface de la peau ne mesure que moins de 2 m2, la surface du tube digestif, les micro-villosités étant mises à plats, ne mesure pas moins que 600m2… Il est donc important de maintenir la flore intestinale en bon état, en évitant le plus possible le recours aux antibiotiques, ainsi qu'à certains probiotiques dont la composition ne serait pas assez variée.